ChIP-seq是最廣泛使用的染色質圖譜檢測方法，但有很大的局限性，具體表現(xiàn)為：

1.高細胞需求量；

2.低吞吐量；

3.技術困難；

4.高成本，深度測序；

5.數(shù)據(jù)質量差，變量大

CUT&RUN和CUT&Tag檢測法正在取代ChIP-seq

簡化的工作流程跳過了ChIP-seq實驗法中的挑戰(zhàn)性步驟，包括染色質片段化和抗體pull down，用更少的細胞和測序讀數(shù)得到更佳的數(shù)據(jù)。

具體變現(xiàn)為：

1.低細胞需求量；

2.高吞吐量；

3.操作流程更簡易；

4.低成本，測序讀取次數(shù)更少；

5.數(shù)據(jù)質量可靠，重復性好

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