EpiCypher CUTANA? CUT&Tag?Kit升級版（Version 2）來了！升級版各方面表現(xiàn)都優(yōu)于V1版本，
助您持續(xù)生成高質(zhì)量的CUT&Tag數(shù)據(jù)。新品推廣期間凡訂購EpiCypher CUTANA? CUT&Tag?Kit，可享額外20%折扣優(yōu)惠！
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促銷時間：即日起-2024.9.25
促銷代碼：CTK20
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【?促銷產(chǎn)品清單?】
供應(yīng)商 | 產(chǎn)品貨號 | 產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品規(guī)格 |
EpiCypher? ? ? | 14-1102? ? ? ? | CUTANA? CUT&Tag Kit with Primer Set 1? ? ?? | 48 Reactions? ? ?? |
EpiCypher | 14-1103 | CUTANA? CUT&Tag Kit with Primer Set 2 | 48 Reactions |
【?六個常見問題帶您了解CUT&Tag新變革?】
從單細胞圖譜分析、空間表觀基因組學(xué)到 FFPE 樣本分析，CUT&Tag正在成為研究熱點1-7。 CUT&Tag也是EpiCypher的研發(fā)重點。多年來，EpiCypher的團隊開發(fā)并優(yōu)化了多種表觀基因組圖譜檢測方法，包括CUT&Tag、CUT&RUN和ChIP-seq。EpiCypher團隊充分利用專業(yè)知識研發(fā)的CUTANA? CUT&Tag試劑盒，使這項令人難以置信的技術(shù)能夠走進全球更多的研究領(lǐng)域和實驗室。CUTANA? CUT&Tag 試劑盒第2版現(xiàn)已上市，而且各方面都優(yōu)于之前的版本。
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從表面上看，CUT&Tag非常簡單8,9。Protein A/G的融合體在抗體標記的染色質(zhì)上栓了一種過度活躍的Tn5轉(zhuǎn)座酶。激活的Tn5插入接頭序列并切割DNA，這一過程被稱為標簽化。在EpiCypher的Direct-to-PCR方法中，使用識別接頭序列的引物從反應(yīng)混合物中直接擴增標記DNA，繞過文庫制備，提高對低細胞數(shù)的敏感性。整個測定過程使用的是與磁珠結(jié)合的完整細胞核，并對在使用8聯(lián)排管時的方法進行了優(yōu)化，從而實現(xiàn)高通量工作流程和自動化解決方案。
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為了簡化實驗過程，EpiCypher團隊開發(fā)了CUTANA? CUT&Tag試劑盒，其中包括從細胞到純化的測序文庫所需的所有試劑。請注意，CUT&Tag僅推薦用于組蛋白翻譯后修飾（PTMs）的定位。 欲進一步了解如何使用CUT&Tag與其姊妹技術(shù)CUT&RUN，請您參閱這篇文章：http://m.yuebanme.com/xwzx_2376.html。
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盡管已取得了一些進展，但CUT&Tag仍然是一項具有挑戰(zhàn)性的表觀基因組檢測技術(shù)。為了使其方法更加可靠，EpiCypher研發(fā)團隊不斷測試CUTANA? CUT&Tag實驗方案，研究不同的緩沖液成分，調(diào)整反應(yīng)條件，并測試了多種細胞類型。CUTANA? CUT&Tag試劑盒的第二版展現(xiàn)了EpiCypher最新的優(yōu)化成果。
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??為什么科研學(xué)者會對CUT&Tag感興趣？
科研人員之所以對CUT&Tag非常感興趣，是因為它可以讓科學(xué)家在不降低數(shù)據(jù)質(zhì)量的情況下簡化實驗流程，這是ChIP不可能做到的。自從CUT&Tag出現(xiàn)以來，研發(fā)人員終于能夠開發(fā)出更高通量的染色質(zhì)圖譜分析。與ChIP-seq相比，CUT&Tag可以使用更少的細胞，花費更少的時間，對更多的反應(yīng)進行多重測序，并生成更高分辨率的數(shù)據(jù)。
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??為什么CUT&Tag比ChIP-seq和CUT&RUN快得多呢？
由于各種原因，CUT&Tag比其他染色質(zhì)圖譜分析技術(shù)更快。從樣本處理的角度看，CUT&Tag無需再多花時間優(yōu)化細胞裂解、交聯(lián)或染色質(zhì)碎裂。CUT&Tag使用完整的細胞核，可在15分鐘內(nèi)從新鮮或冷凍的細胞中獲取。然后將細胞核與固體支撐物（ConA磁珠）結(jié)合，這樣就能限制樣品的損失，并可使用磁力架快速清洗。這一特點使該方法與8聯(lián)排管兼容，進一步加快了實驗速度。
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從實驗方法的角度看，直接插入測序接頭無需進行標準的文庫準備步驟，不僅節(jié)省了一天的工作時間，而且減少了樣品損失。大多數(shù)CUT&Tag實驗流程中需要純化DNA，然后進行 PCR，而EpiCypher的Direct-to-PCR策略允許實驗人員直接從CUT&Tag反應(yīng)中擴增標記的DNA。因為所有的實驗過程都是在8聯(lián)排管中進行的，所以實驗人員可以將接頭引物和PCR混合物直接加入到CUT&Tag反應(yīng)管中。對于時間緊張的項目，實驗人員可以在CUT&Tag第2天結(jié)束時加載測序儀，第3天就可以開始處理數(shù)據(jù)。對于科研人員來講，這樣的周轉(zhuǎn)時間非常寶貴。
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??與ChIP-seq相比，為什么在CUT&Tag中可以使用更少的細胞呢?
因為簡化了實驗流程，降低了背景信號影響，所以CUT&Tag需要的起始細胞數(shù)量較少。在 ChIP-seq中，需要交聯(lián)和染色質(zhì)超聲處理或片段化來制備input的染色質(zhì)。在免疫沉淀（IP）步驟中，抗體被添加到染色質(zhì)片段化池中。理想情況下，抗體只與靶標結(jié)合，但免疫沉淀幾乎總是能回收非靶標片段，并在測序數(shù)據(jù)中引入背景信號或測序假象?？茖W(xué)家通常會增加細胞數(shù)量以克服背景信號影響并提高數(shù)據(jù)質(zhì)量，但這種解決方法會限制低數(shù)量細胞的應(yīng)用。
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CUT&Tag使用與磁珠結(jié)合的完整細胞核，不需要按照傳統(tǒng)的IP步驟進行實驗，從而減少了背景信號影響。EpiCypher的方法還繞過了ChIP和標準文庫制備中的多個DNA純化步驟，有助于減少樣本的損失?？傊cChIP-seq相比，CUT&Tag可以減少約10倍的材料，這是非常不可思議的。
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??科研學(xué)者在使用CUT&Tag實驗操作流程時最常見的問題是什么呢?
研究者進行CUT&Tag實驗時遇到的主要問題是產(chǎn)量低甚至沒有產(chǎn)量，這可能是由多種變量影響的。產(chǎn)率低通常是由樣品預(yù)處理不佳、實驗過程中樣品損失、ConA磁珠結(jié)合不上以及反應(yīng)混合問題造成的。這些問題都有關(guān)聯(lián)，因此解決起來比較復(fù)雜。
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樣品制備不良的表現(xiàn)是細胞裂解、細胞核制備中有碎片或ConA磁珠結(jié)合后上清液中存在未結(jié)合的細胞核。如果樣本預(yù)處理出現(xiàn)上述情況，就可能無法進行標簽化，進而導(dǎo)致產(chǎn)量低。
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混合不充分也是產(chǎn)量低的一個常見原因。保持磁珠在溶液中對檢測的成功至關(guān)重要：它有助于確?？贵w和pAG-Tn5的均勻分布，并有助于高效的indexing PCR。然而，在實驗方案中的第2天，ConA 磁珠漿會變得粘稠且難以重懸，尤其是在標記之后。雖然在處理材料時應(yīng)當(dāng)溫和，但如果不能很好的混合CUT&Tag反應(yīng)物，就會嚴重降低產(chǎn)量。 EpiCypher實驗方案詳細說明了何時以及如何混合樣品，以便最終穩(wěn)定地回收CUT&Tag生成的文庫。
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??新版CUT&Tag試劑盒有什么亮點呢?
版本更新的重點是幫助使用者持續(xù)生成高質(zhì)量的CUT&Tag數(shù)據(jù)。EpiCypher的團隊詳細討論了實驗流程的每個步驟。比如，為什么緩沖液要使用某種成分或pH值？對細胞核或細胞生理有何影響？這些問題幫助EpiCypher團隊找到了可以改進的關(guān)鍵點。
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pAG-Tn5的表征表明，酶本身并不是影響產(chǎn)量問題所在，且標記反應(yīng)是高效的，但樣品在標記后的實驗步驟中損失了。為此，EpiCypher團隊對樣品處理、緩沖液成分、方案步驟進行了廣泛的頭對頭比較研究，并對優(yōu)秀的競爭產(chǎn)品進行了測試。
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這些實驗揭開了問題的神秘面紗。TAPS Buffer中的低鹽濃度導(dǎo)致了滲透性變化和細胞核裂解。混合技術(shù)也尤為重要，它是造成樣品損失的原因之一。例如，加入SDS Release Buffer后，樣品變得粘稠，無法移液。在實驗方案的其他部分，由于渦旋使材料粘在離心管邊上，也會導(dǎo)致樣品損失。
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根據(jù)實驗結(jié)果，EpiCypher團隊去掉了標記后的低鹽 TAPS Buffer洗滌，取而代之的是含有生理鹽的Pre-Wash Buffer，以保持細胞核的完整性。EpiCypher團隊還完善了實驗流程中具體的重懸浮和混合方法，以幫助指導(dǎo)使用者進行最佳操作。EpiCypher內(nèi)部測試了修改后的CUT&Tag實驗方案，結(jié)果發(fā)現(xiàn)新手和有經(jīng)驗的使用者的實驗成功率都有所提高，這說明了CUT&Tag改進后的實用性。
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??這些實驗操作流程的變化適用于正在使用第1版CUTANA? CUT&Tag Kit或DIY CUT&Tag的科研人員嗎?
是的。所有實驗流程的更改都與CUTANATM CUT&Tag Kit的第1版以及 DIY CUT&Tag流程（https://www.epicypher.com/resources/protocols/cutana-pag-tn5-resources/）兼容。
您可以使用現(xiàn)有的試劑盒組分來按照第2版的實驗流程操作，而不需要任何新材料！
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需要注意的主要區(qū)別是試劑盒中去掉了TAPS Wash Buffer。之前使用TAPS Wash Buffer進行標記后洗滌，現(xiàn)在使用等體積的Pre-Wash Buffer洗滌。EpiCypher在該試劑盒中為使用者提供了充足的Pre-Wash Buffer來完成這一步驟。
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【?總 結(jié)?】
CUTANA? CUT&Tag Kit版本的更新反映了EpiCypher嚴格的研發(fā)工作。EpiCypher團隊將繼續(xù)完善CUT&Tag和CUT&RUN的相關(guān)研究，包括針對新應(yīng)用和研究領(lǐng)域的優(yōu)化。如果您有其他疑問，第2版的實驗操作流程（https://www.epicypher.com/resources/protocols/cutana-cut-and-tag-kit-manual/）也許能解決您的問題，也歡迎聯(lián)系EpiCypher中國代理商欣博盛生物咨詢。
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【?參考文獻?】
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